Наставно-научниот совет на Факултетот е орган на управување и стручен орган.
Согласно Статуот на Стоматолошкиот факултет – Скопје во состав на Универзитетот ,,Св. Кирил и Методиј” во Скопје, членови на Наставно-научниот совет се: редовните и вонредните професори и доцентите, кои се во редовен работен однос на Факултетот, како и претставници кои ги избира факултетското студентско собрание. Бројот на претставниците од редот на студентите не може да биде помал од 10% од вкупниот број членови на Наставно-научниот совет, односно претставува првиот нареден цел број од 10%. Бројот на студентите во Наставно-научниот совет е променлив во зависност од вкупниот број членови на Наставно-научниот совет. Мандатот на студентите во Наставно-научниот совет е две години.
Седниците на Наставно-научниот совет ги свикува и со нив раководи деканот на Факултетот.