Воведувањето на третиот циклус – докторски студии како вистински студии со напуштање на досегашниот начин на стекнување докторат на науки, претставува една од најзначајните реформи во високото образование на Република Северна Македонија, па оттаму, и на Универзитетот ,,Св.Кирил и Методиј” во Скопје. Воспоставениот модел на докторски студии на УКИМ, по примерот на развиените европски универзитети, е прв од ваков вид, не само во државата, туку и на Балканот. Истовремено, концептот за организирање на докторските студии во Школа за докторски студии е една од основните карактеристики на интегративното дејствување на Универзитетот.
Докторските студии се организираат и координираат во Школата за докторски студии на Универзитетот ,,Св.Кирил и Методиј” во Скопје, со активно учество на факултетите и институтите на Универзитетот (во натамошниот текст: Школа за докторски студии).
За секоја студиска програма се формира совет на студиската програма. Со советот раководи раководител на студиската програма.
Надлежностите на советот се утврдени со правилникот за условите, критериумите и правилата за запишување и студирање на трет циклус студии – докторски студии на Универзитетот ,,Св Кирил и Методиј” во Скопје.

За секоја акредитирана студиска програма за докторски студии на Стоматолошкиот факултет се формира Совет на студиската програма, составен од лица избрани во наставно-научни звања акредитирани во студиската програма. Со студиската програма раководи раководител избран од страна на Советот на студиската програма, кој го потврдува Ректорската управа на Универзитетот.

Првиот избран раководител на Студиската програма за докторски студии на Стоматолошкиот факултет во периодот 2011-2015 год., беше проф. д-р Мирјана Поповска. Во периодот 2015-2019 год. со оваа студиска програма продолжи да раководи проф. д-р Владимир Поповски, кој во октомври 2019 година е реизбран на оваа функција, со нов мандат во траење од пет години.