За организирање на вториот циклус студии – последипломски студии, за сите студиски програми, се формира наставно-научен колегиум на студиска програма за втор циклус студии (во натамошниот текст: колегиум).
Колегиумот има надлежности, права и обврски кои се уредени со актите на Универзитетот и со Статутот на Стоматолошкиот факултет во Скопје во состав на Универзитетот ,,Св. Кирил и Методиј” во Скопје.
Со колегиумот раководи раководител.